生物洁净安全柜可有效减少由于气溶胶暴露所造成的实验室感染以及培养物交叉污染，同时也能保护工作环境。事实上，它更侧重于保护操作人员和环境，是负压过滤排风柜，防止操作的病原微生物扩散造成人员伤害和环境污染。

如今的微电脑控制时代，生物洁净安全柜的控制系统用于监控安全柜的各项操作数值，及时发现任何故障和误操作，以声光警报通知用户采取措施，并自动采取相应的联锁安全措施。系统带有温度补偿功能的流速传感器，可以测定真实的气流流速，包括进气流、下沉气流和外排气流；LCD液晶显示屏实时显示气流流速/流量。对气流流速过低或不安全前窗高度，系统都会发出声光警报。

在开始工作以前以及完成工作以后，应至少让安全柜工作5min来完成净化过程，亦即应留出将污染的空气排出安全柜的时间。生物洁净安全柜需要有相应的预热和关机程序，并可由用户根据实际需要自主设定时间。硬件故障智能诊断系统可以提示故障信息。拥有管理员密码功能，防止非授权人员修改参数和非法操作。

带有计时器的“安全失效控制系统”可以使生物洁净安全柜的电子控制硬件在故障的情况下也不破坏其安全性能。在失效时，生物安全柜将自动重新启动并将各项参数设定在安全范围内。在操作面板上调控所有的功能时，也可以通过一个RS232电脑接口来设定参数、更新控制软件和故障分析。

“风机时间计时器”可用来对生物洁净安全柜的实际使用时间计时，便于监控ULPA滤器的工作时间，便于及时更换。

“紫外灯时间计时器”用来计时紫外灯的工作时间，便于及时更换。特殊的维修模式可以用于维修目的，其可以绕过安全柜所设定的参数、控制及锁定功能，所有的输入和输出参数都可以观察用于故障分析。

在我国现有的国情下，很难做到每年的技术校检，因为存在不小的费用，所以安装报警十分重要，可以及时提醒操作者，如果风速低了，可以维修或者更换，及时的预防样品的污染和对操作者的健康危害。